那曲县属藏北高原，全县平均海拔高约4500多米。境内多山，但坡度较为平缓，多数山呈浑圆状，属高原丘陵地形。境内为终年积雪、人迹罕至的高原冰川型雪山，山势险峻。 全县草原面积3.6万平方公里，其中可利用草原面积2.8万平方公里，牧民人均占有可利用草原面积0.6平方公里。 境内主要有西南的桑登康桑山脉、西北的那木热阿山脉、东南的贡嘎瓦嘎玛山脉和东部的色如山脉、可热阿山脉等。这些山峰均属念青唐古拉山脉的分支山脉或余脉。境内最高山峰为桑登康桑山峰，其海拔约6500米，主峰距那曲镇南100公里。贡嘎瓦山峰，劳普写嘎成山峰、色如拉根山峰等也属终年积雪山峰，海拔高度均在5500米以上。
那曲县境内的地势呈西北向东南缓坡状，西北部绝对海拔高而东南部海拔较低，但地势险峻，山峰较多。由于东南系念青唐古拉山的余脉部分，高差显著，群峰林立，交通条件较差，而越向西北方向，地势逐高，但高差较小,山势平缓。丘陵间盆地开阔、草场肥沃，草原利用率高。 那曲县境内主要河流是那曲河、贡曲河、莫曲河、菜油河和劳曲河等，均属那曲河的重要支流,许多季节性小河和山溪汇入那曲河或流入境内湖泊之中。这些河水径流总量约为440万立方米。较大的湖泊有达孜错、错鄂、乃日崩错、错木如错和夯错等（“错”藏语意为湖泊）,除了乃日崩错是咸水湖之外，其余均为淡水湖。
青藏公路、黑昌公路和黑阿公路（那曲至阿里）在那曲县境内交叉贯穿，交通条件得天独厚。青藏公路从北到南横贯那曲县境内，北面的德吉乡、南面的罗马乡、香茂乡、古路乡等四个乡政府的住址紧靠青藏公路主干线。黑昌公路（那曲至昌都）也从这里开端，蜿蜒向东至昌都地区丁青县，孔玛乡和达前乡人民政府紧挨在这条公路的主干线上，境内主要公路干线全长约500多公里。
